Animatsioon alustab puhta lehena - pole olnud ühtegi filmi ega videomängu, vaid täiesti uus lugu. Loo peategelane on Hanzo, kes on teisest dimensioonist pärit ninjaklanni üks liidritest. Ta elab rahulikku elu ennast ja enda oskuseid treenides kui ühel päeval nende klanni ründab võimas maag-võitleja Bi-Han, kes tapab terve tema klanni.

Mees vannub kättemaksu. Selle jaoks, et Bi-Han ülesse leida, liitub mees tuntud võluriga Quan Chi, kelle abiga võtab Hanzo endale nime Scorpion ning võtab osa suurest dimensioonidevahelisest turniirist Mortal Kombat. Bi-Han on seal, kuid nüüd nimega Sub-Zero. Turniiri panused on suured, terved maailmad on kaalul, kuid Scorpion soovib ainult enda verist kättemaksu, olgu temal ees nii palju teisi ohvreid kui tarvis.

Film linastub digitaalselt 12. aprillil. Plaatidel ilmub 28. aprillil.